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滤清器制造工厂是否存在有毒物质，与具体的生产过程、使用的原材料以及工厂的通风、安全措施等多个因素有关，一般情况下，大多数滤清器制造过程可能会涉及到一些化学物质，如粘胶、溶剂等，如果不当处理或使用，可能会产生有害气体或微粒。
做滤清器的工厂通常会采取一系列的安全措施，如良好的通风系统、个人防护设备、定期的安全检查等，以保障工人的健康和安全。
在某些情况下，如果工厂没有妥善地处理这些化学物质，或者通风条件不佳，可能会存在潜在的风险，如果对此有疑虑或担忧，建议了解工厂的具体安全措施和生产流程，或咨询相关的职业健康专家。
不能一概而论地说滤清器制造工厂一定有毒，为了保障工人的健康，工厂应该严格遵守安全规定，采取必要的安全措施。